La acción empieza tras los dos años y medio que el protagonista, Naruto Uzumaki, ha pasado entrenando con su maestro Jiraiya. En ella reaparecen todos los personajes de la anterior serie pero con más experiencia y fuerza. Además, la Organización Akatsuki entra definitivamente en acción, tras su breve aparición en la parte anterior, y se revelan sus objetivos. El enemigo principal de la parte anterior de Naruto, Orochimaru, ha estado mientras tanto entrenando a Sasuke Uchiha, antiguo compañero de Naruto, que abandonó voluntariamente la aldea para ganar fuerza gracias a este personaje, y así poder tomar venganza contra su hermano, Itachi Uchiha.

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::::Capitulos del 1-12::::
Episodio 01-02 Vuelta a Casa, Akatsuki, Empieza la Acción
Episodio 03 Los Resultados del Entrenamiento
Episodio 04 El Jinchuuriki de la Arena!
Episodio 05 Como el Kazekage...!
Episodio 06-07 El Arte es una Explosión!
Episodio 08 El Equipo Kakashi se pone en Marcha!
Episodio 09 Especial ( con el 8 )
Episodio 10 Técnica de Sellado: Los Nueve Sellos del Dragón Fantasma
Episodio 11 La Alumna de la Ninja Médico
Episodio 12 La Decisión de la Anciana Retirada

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::::Capitulos del 13-32::::
Episodio 13 Encuentros del Destino
Episodio 14 La Madurez de Naruto
Episodio 15 El Nombre del Orbe Oculto...!
Episodio 16 El Secreto que alberga un Jinchuuriki
Episodio 17 La Muerte de Gaara!
Episodio 18 Forzando la Entrada! Asalto Relámpago!
Episodio 19 Salta la Trampa! Los Enemigos del Equipo Gai
Episodio 20 Hiruko vs. Las Dos Mujeres Ninja
Episodio 21 El Rostro de Sasori
Episodio 22 Batalla de Primavera!
Episodio 23 Especial ( con el 22 )
Episodio 24 El Tercer Kazekage
Episodio 25 Tres Minutos entre la Vida y la Muerte
Episodio 26 10 Marionetas vs. 100 Marionetas
Episodio 27 El Sueño Irrealizable
Episodio 28 La Resurrección de las Bestias
Episodio 29 Arrojado a una Próxima Dimensión!
Episodio 30 Especial ( con el 29 )
Episodio 31 La Próxima Generación
Episodio 32 El Regreso del Kazekage

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::::Capitulos del 33-53::::
Episodio 33 El Próximo Objetivo
Episodio 34 El Nuevo Equipo Kakashi es Formado!
Episodio 35 Una Adición no deseada
Episodio 36 El Nuevo Equipo Kakashi Parte!
Episodio 37 Especial ( con el 36 )
Episodio 38 Simulación
Episodio 39 El Puente del Cielo y de la Tierra
Episodio 40 El Tiempo para Luchar ha llegado!
Episodio 41 Especial del Destino ( con el 40 )
Episodio 42 Orochimaru vs. Jinchuuriki
Episodio 43 Las Lágrimas de Sakura
Episodio 44 La Verdad sobre la Pelea
Episodio 45 La Consecuencia de la Traición
Episodio 46 La Página Inconclusa
Episodio 47 Infiltración! El Venenoso Nido de Serpientes
Episodio 48 Lazos
Episodio 49 Persona Importante
Episodio 50 La Historia del Libro de Dibujos
Episodio 51 La Esperada Aparición de Sasuke!
Episodio 52 Especial Sentimental ( con el 51 )
Episodio 53 Las Hojas Germinan!

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::::Capitulos del 54-71::::
Episodio 54 Pesadilla
Episodio 55 Viento
Episodio 56 Retorcerse
Episodio 57 Garras en Forma de Garfio que Cortan la Oscuridad! El Viento Fuerte que Trae el Pasado
Episodio 58 Especial ( con el 57 )
Episodio 59 Un Nuevo Enemigo
Episodio 60 Rueda de la Fortuna
Episodio 61 Contacto
Episodio 62 Compañero de Equipo
Episodio 63 Los Dos Reyes
Episodio 64 Konoha, Completamente Encerrada! La Guardia Estricta
Episodio 65 Especial ( con el 64 )
Episodio 66 Almas Resucitadas
Episodio 67 Múltiples Combates a Muerte
Episodio 68 Chakra Rojo! Destrucción y Furia
Episodio 69 Especial ( con el 68 )
Episodio 70 Resonancia
Episodio 71 Mi Amigo

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::::Capitulos del 72-88::::
Episodio 72 La Amenaza Próxima
Episodio 73 Invasión de Akatsuki
Episodio 74 Bajo un Cielo Estrellado
Episodio 75 El Rezo del Viejo Monje
Episodio 76 Ruta de Colisión! Akatsuki vs. Equipo Asuma
Episodio 77 Especial de Enfrentamiento ( con el 76 )
Episodio 78 Asuma Muere!
Episodio 79 Especial de Desesperación y Reclusión ( con el 78 )
Episodio 80 Últimas Palabras
Episodio 81 Noticias Devastadoras
Episodio 82 El Equipo 10
Episodio 83 Objetivo Fijado
Episodio 84 La Habilidad de Kakuzu
Episodio 85 El Secreto Aterrador
Episodio 86 La Voluntad de Fuego es Pasada, una Nueva Técnica Brota!
Episodio 87 Especial ( con el 86 )
Episodio 88 Elemento Viento: Shuriken de Espiral

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::::Capitulos del 89-112::::
Episodio 89 El Precio del Poder
Episodio 90 La Determinación de un Shinobi
Episodio 91 Descubrimiento - La Guarida de Orochimaru
Episodio 92 Encuentro
Episodio 93 Corazones que se Comunican
Episodio 94 Una Noche Lluviosa
Episodio 95 Los Dos Amuletos
Episodio 96 El Enemigo Oculto
Episodio 97 El Laberinto de los Reflejos Distorsionados
Episodio 98 El Objetivo Aparece
Episodio 99 Un Bijuu Enfurecido
Episodio 100 Dentro de la Niebla
Episodio 101 Los Sentimientos de Todos
Episodio 102 Reagrupación!
Episodio 103 La Barrera de Sellado de Cuatro Esquinas
Episodio 104 Elemento Cristal Destruido
Episodio 105 La Batalla por la Barrera
Episodio 106 La Camelia Roja
Episodio 107 Extraños Aliados
Episodio 108 La Guía de las Camelias
Episodio 109 El Contraataque del Sello Maldito
Episodio 110 Memoria de Culpa
Episodio 111 La Promesa Rota
Episodio 112 Un Lugar al cual Regresar

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::::Capitulos del 113-141::::
Episodio 113 El Pupilo de la Serpiente
Episodio 114 El Ojo del Halcón
Episodio 115 La Gran Espada de Zabuza
Episodio 116 El Guardián del Muro de Hierro
Episodio 117 Juugo de la Guarida del Norte
Episodio 118 Formación!
Episodio 119 Kakashi Gaiden - El Campo de Batalla de la Vida de un Chico!
Episodio 120 Especial ( con el 119 )
Episodio 121 En Marcha
Episodio 122 Búsqueda
Episodio 123 Enfrentamiento!
Episodio 124 Arte
Episodio 125 Desaparición
Episodio 126 Crepúsculo
Episodio 127 El Relato de un Ninja Intrépido - Las Crónicas del Ninja Jiraiya
Episodio 128 Especial ( con el 127 )
Episodio 129 Invadiendo la Aldea de la Lluvia! La Decisión de Jiraiya
Episodio 130 Especial ( con el 129 )
Episodio 131 Activar! Modo Ermitaño
Episodio 132 Conociendo los Seis Caminos de Pain
Episodio 133 El Relato del Valiente Jiraiya
Episodio 134 Una Invitación a la Fiesta
Episodio 135 Fin del Ciclo! La Reunión de los Hermanos
Episodio 136 Especial ( con el 135 )
Episodio 137 Amaterasu
Episodio 138 Fallecimiento
Episodio 139 El Misterio de Tobi
Episodio 140 Destino
Episodio 141 Verdad

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::::Capitulos del 142-161::::
Episodio 142 Batalla en Unraikyou
Episodio 143 Sasuke vs. Hachibi
Episodio 144 Trotamundos
Episodio 145 Sucesora de la Técnica Prohibida
Episodio 146 Los Sentimientos de la Sucesora
Episodio 147 El Pasado del Ninja Desertor
Episodio 148 La Sucesora de la Oscuridad
Episodio 149 Despedida
Episodio 150 Activar la Técnica Prohibida
Episodio 151 Estudiante y Maestro
Episodio 152 Las Lágrimas de Naruto! El Juramento de una Revancha
Episodio 153 Especial ( con el 152 )
Episodio 154 En los Pasos de su Maestro! Da Comienzo el Entrenamiento de Senjutsu
Episodio 155 Especial ( con el 154 )
Episodio 156 Superando al Maestro
Episodio 157 El Ataque a Konoha
Episodio 158 El Poder para Creer
Episodio 159 Pain vs. Kakashi
Episodio 160 El Misterio de Pain
Episodio 161 Apellido, Sarutobi. Nombre, Konohamaru!

::::CAPITULOS SUELTOS :::: Ir Arriba

Episodio 162 El Mundo Conocerá el Dolor
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Episodio 163 Explosión! Modo Ermitaño
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Episodio 164 Crisis! Desaparece el Modo Ermitaño
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Episodio 165 Captura Completa del Kyuubi v2
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Episodio 166 Confesión v2
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Episodio 167 Construcción Planetaria Catastrófica
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Episodio 168 El Cuarto Hokage
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Episodio 169 Los Dos Discípulos
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Episodio 170 Gran Aventura! La Búsqueda del Legado del Cuarto! Primera Parte
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Episodio 171 Gran Aventura! La Búsqueda del Legado del Cuarto! Segunda Parte
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